Борбордук Азиядагы жана Кыргызстандын аймактарындагы жогорку окуу жайлары, жакынкы жана алыскы эл аралык уюмдар, фонддор менен түз жана тыгыз байланышта болуп, университеттин өсүп-өнүгүүсү үчүн көмөктөшүүгө багытталган. Атап айтканда жакынкы чет өлкөлөр б.а. Худжант мамлекеттик университетинин, Худжант технологиялык университетинин филиалы, Наманган инженердик-экономикалык институту менен кызматташтыкта байланышып, жемиштүү эмгектенишип келген. Университеттин эл аралык байланышы факультеттерди жана кафедраларды жаңы маалыматтар менен камсыз кылуу. Илим, билим берүү чөйрөсүндө жаңы окуу программаларын иштеп чыгууда, ошондой эле студенттерге билим берүүдө, илим изилдөө иштери үчүн жаңы окуу-пландары жана окуу программалары, окутуучулар менен кызматкерлердин өз ара тажрыйба алмашуусуна, илимий тармактар менен факультеттер аралык кызматташтыкты кеңири жайылтуу, административдик мамилелерди жакшыртуу үчүн кызмат көрсөтөт.
Университеттин иш-аракеттери боюнча, алдыдагы келечек максаттары менен таанышуу үчүн өлкөбүздүн жетекчилигинен, алыскы жана жакынкы мамлекеттерден коноктор келип кетишүүдө. Алардын ичинен Япониянын атайын өкүлү Ю.Ватанабе, АКШнын Кыргызстандагы элчиси Стивен Янг, ЮСАИДдин өкүлү Клиффорд Браун ж.б.
2004-жылы Америка элчилиги тарабынан «Академиялык чынчылдык» долбоору колдоого алынган. Бул долбоор студенттердин арасында орун алган кээ бир терс көрүнүштөрдү жок кылуу менен студенттердин сапаттуу билим алуусуна багытталган. 2004-жылдын сентябрынан баштап «Евразия» фонду тарабынан каржыланган «Интеграция» долбоору өз ишин баштаган. Долбоор КУУ ИМОП жана ЖАМУ менен биргеликте түзүлгөн, мунун негизинде «Экономика жана бизнес» кафедрасынын 7 окутуучусу өздөрүнүн квалификациясын жогорулатышкан жана окуткан предметтери боюнча кейстерди иштеп чыгууга катышышкан.
2004-жылдан декабрынан «Сорос-Кыргызстан» фонду колдоого алган «БДАМС» долбоору ишке кирген. Долбоордун максаты – Баткен областык юстиция башкармалыгы, БатМУнун укуктук маалымат борбору жана ADVAIZER компаниясынын маалымат борборлорунун маалыматтык ресурстарын бириктирип, коммуникациянын акыркы мүмкүнчүлүктөрүн пайдаланып, бирдиктүү маалыматтык чөйрөнү түзүү. IREX Интернет борбору АКШ Мамлекеттик Департаменти тарабынан каржыланат.
Эл аралык байланышты дагы да чыңдоо максатында Баткен мамлекеттик университетинин базасында Америка Кошмо Штатынын элчилигинин колдоосу менен 2004-жылдын 17-ноябрында «Америка Ордосу» ачылды.