Биринчи вариант. Баткен топоними деле өзүбүздүн тилибизден жаралган. Азыркы сөздүктөрүбүздө «бат» деген сөздүн крахмал, ундан жасалган желим мааниси гана берилген. Байыркы түрк тилинде ширеси сыгып алынчу нерселердин (мисалы, жүзүм, өрүк ж.б.) тобу, чөбөгөсү бат деп аталган. Таттуулардын да желимдей жабышкак келери белгилүү го, азырга чейин таттууну кармап, ширеленип калганда «колум батташып калды» деп айтабыз. Окумуштуу А.К. Мурзакметовдун ZAMAN Кыргызстан гезитинин № 48 санына жарыяланган “Ат асмандан дечү эле” аттуу макаласында Баткен аталышын бат термини менен байланыштырып, батташкан, ширелүү, таттуунун кени деген мааниде деп белгилеген. Экинчи вариант. Кыргыздын кыпчак уруусунун Кожомүшкүр уругунун уулу, маркум Каражанов Төрөбай аксакалдын КРнын Улуттук жазуучулар союзунун мүчөсү, КРнын Маданиятына эмгек сиңирген ишмер Аскар Ражабалиевге берген маегинде Баткен аталышы тууралуу төмөнкүчө билдирген экен. XX кылымдын 20-30-жылдарына чейин азыркы Булак башы кварталынан (РТС) Баткен шаарынын мазарына жана областтык администрациянын имаратынын аймагына чейин бат чөбү өскөн. Ал бөлтүрүктүн бир түрү болуп, өтө уулуу болгон. Июнь, июль айларында аябай гүлдөп бышкан мезгили болуп, ширени көп бөлүп чыгарган. Биздин ата-бабалар анын ширесин алуу үчүн чөп бышкан кезде үстүнө илегенди жаап бир-эки күн күтүшкөн. Убакыт өткөн соң бат чөбүнүн ширеси идишке жабышып калган. Аны тазалап алып даарылыкка пайдаланышкан. Буттун балтырындагы шишиктерди жана бат оорууларын сакайтуу үчүн колдонушкан. Ошондуктан чөп бат деп аталып калган. Демек бул вариантка ылайык Баткен деген сөз бат чөбүнүн кени деген маанини билдирет. Өзүңүздөргө маалым болгондой кен деген сөздүн диалектикалык мааниси көп дегенди туюнтат. Мисалы шалынын кени (каны), буудайдын кени (каны), суудун кени (каны) ж.б. Үчүнчү вариант. Баткен чөлкөмү орто кылымдарда Жейхун (Аму дарыя), Сейхун (Сыр дарыя) дарыяларынын аралыгында жайгашкан Мавереннахр өлкөсүнүн курамында болгон. Орто кылымдардагы саякатчылар бул аймакта байыркы мезгилдерден бери тоо-кен байлыктарынын өтө көп экендиги жөнүндө далай ирет жазышкан. “Баткен” деген сөз да байыркы иран-парс тилинен которгондо, “кендин шамалы”, “кендүү жер” деп чечмеленген.Араб-парсы жана кытай булактарында чагылдырылгандай, бул аймак б.з. I к. кен байлыктары жана кен иштетүү боюнча атагы чыгып, Ферганадан түрк туткундары менен кошо ак кездемелер, курал-жарак, кылыч, жез, темир сыртка чыгарылып, Фергананын темир буюмдары, айрыкча курал-жарактар Багдадка чейин сатылып турган.Тарых илимдеринин кандидаты, доцент А. Кадыровдун “Баткен тарыхы” атуу эмгегинде берилген маалыматтарга көрө I-V к. Баткен чөлкөмүндө чарбалык жана маданий жогорулоо болуп, көптөгөн жаңы шаарлар жана кыштактар пайда болгондугун, сымап (азыркы Хайдаркан шаарында), алтын (Касансай суусунун жогорку жагында), бирюза (азыркы Баткен районундагы Самаркандек айылында) кендерин жана башка пайдалуу казылмаларды казып алуу кеңейгендигин айтууга мүмкүнчүлүк берет. Б.з. I-к. сымап, алтын, бирюза казылып алынып турганына караганда бул чөлкөмдө кен байлыктарын казып алуу жана иштетүү бир топ жогорку деңгээлде өнүккөн жана аны натыйжалуу пайдаланышкан.В.В. Бартольд өзүнүн тогуз томдуу “Туркестандын маданий жашоосу ” деген изилдөөсүндө Орто Азиянын аймагында батыш иран (перс) топонимикасынын активдүү калыптанышынын башталышы XIII кылымдагы арабдардын басып алуу доорунан башталат деп белгилеген. Айтымында ушул мезгилде «кыштак» деген маанидеги топонимиканын ордуна жаңы перс топоформанттары -дех жана -абад колдонула баштаган. Мындан тышкары Борбордук Азияда жаңы перс тили (фарси) батыш иран теги менен бирге кеңири тараган. Натыйжада батыш иран топоформанттарынын катышуусу менен -ан, -кирд (-гирд, -жирд), -диза (-диз), -руд жана -стан {-стан) топонимдери Орто Азияда пайда болгон. Демек жыйынтыктап айтканда Баткен жергеси перс элдерине тиешелүү эмес, аймакта байыртан кыргыздар гана жашаган. Болгону В.В. Бартольд белгилегендей Орто Азиянын аймагында батыш иран (перс) топонимикасынын активдүү калыптанышынын башталышы XIII кылымдагы арабдардын басып алуу доорунан башталган. Борбордук Азияга негизинен ислам дини перс аалымдары тарбынан перс тилиндеги булактардын негизинде тарагандыгы, орто кылымдардагы географиялык алкакты изилдеген саякатчы окумуштуулардын да көбүнчө перс элдеринен болушу аймактагы жер-суунун аталышынын өзгөрүүсүнө чоң таасир берген. Буга далил Б.з. I к. Баткен аймагындагы атагы чыккан Кан-и-Гут кени жөнүндө алгачкы маалымат атактуу дарыгер Абу Али Ибн Синанын эмгектеринде мындайча берилет. Анда: “Акылмандар бардык алтындарын жана асыл таштарын дүйнөнүн ар кайсы жерлерине жашырышкан, ага ээлик кылуу оңой эмес. Мисалы Мавереннахр өлкөсүндө шаар бар, тоолордун арасында жайгашкан, Исфара деп аталган. Анын аймагында Гут деген аталыштагы жай бар. Акылмандар казынасын ошол жерге жашырышкан жана ага каргышты кошо калтырышкан. Бул жөнүндө жазууга жана айтууга так сан жок”. Бул кен Баткен районундагы Самаркандек кыштагынан 18 км. түндүк-батыш тарабында Майдан-Тоо этегиндеги Шадымир коктусундагы суусуз, бадалсыз какыр адырда жайгашкандыгына карабастан Абу Али Ибн Сина тарабынан Исфаранын аймагында деп белгиленген. Мындан тышкары аталышы да “Өлүм кени” эмес Кан-и-Гут деп тарыхка перс тилинде кирип калган. Ислам динин перс аалымдары, булактары тарабынан тарашы менен бир гана Кыргызстанда эмес бүткүл Борбордук Азияда топонимикалык аталыштар өзгөрүүгө дуушар болгон. Ага мисал катары Өзбекстандын жана Казакстандын төмөнкү шаарларынын аталыштарын айтууга болот: Ташкент, Бешкент, Алимкент, Вабкент, Газалкент, Паркент, Пскент, Чымкент ж.б.