Учурда университетте илимдин жана техниканын өнүгүүсүнө, Баткен областынын социалдык-экономикалык деңгээлин көтөрүү, анын өнүгүшүнө салым кошуу максатында атайын экономикалык, техникалык, коомдук-гуманитардык, экологиялык маселелерди камтыган илимий темалардын үстүндө илим изилдөө иштери жүргүзүлөт. Окуу жайдын окумуштуулары аталган багыттардын актуалдуу жактарын таап чыгышып, чечилбеген айрым маселелерди аныкташып, ар бири өзүнүн изилдөөсүнө ылайык илимий-изилдөө иштерин жүргүзүү боюнча алгылыктуу иштерди алып барууда. Бул кезегинде илимий чөйрөнүн гүлдөп-өсүшүн камсыздаса, экинчиден окуу жайдын илимий потенциалын көтөрөөрү талашсыз чындык. Айтсак, Кыргызстандын түштүк-батыш чөлкөмүндөгү илимий-педагогикалык кадрлардын жетишсиздигинен улам 15жыл ичинде 40тан ашуун кандидаттык жана докторлук диссертациялар корголду.
Ошондой эле 20дан ашык изилдөөчүлөрүбүздүн диссертациялык эмгектери коргоо алдында турат. Бул албетте, БатМУнун илимий багытынын чеги эмес, анткени университеттин ачылгандыгына 15 жыл болгондугун жана Баткен чөлкөмү республикада эң алыскы аймак катары каралгандыгын эске ала турган болсок, мындай катаал шартта илимди өнүктүрүүнүн өзү чоң жетишкендик катары бааланышы – турмуштук факт. Ошентсе да, азыркы күндө окуу жай илимий багытта тез өнүгүүнүн жолуна түшүп, бир канча ийгиликтерге жетише алды.
Баткен мамлекеттик университетинде республикалык каржылоо аркылуу тынымсыз илимий изилдөө иштери жүргүзүлүп келе жатат. Илимий иштер университетти кадрлар менен камсыз кылууга түздөн-түз тиешеси бар жана университеттин өз кадрларынын ичинен өсүп чыккан илимдин кандидаттары менен докторлору анын илимий потенциалын арттыраарына ынанабыз
БатМУнун жетекчилигинин колдоосу менен окутуучулар жана алдыңкы студенттер республикалык жана эл аралык илимий конференцияларга катышууга, өздөрү каалаган окуу жайлардан стажировкадан өтүүгө мүмкүнчүлүк алышат. Жыл сайын студенттердин жана окутуучулардын бир канча илимий жана илимий-практикалык конференциялары салттуу түрдө өткөрүлүп келет, натыйжасында студенттердин арасында илимге шыктуу, талантуу жаш илимпоздор тандалып, окутуучулардын жетекчилиги астында илимий долбоорлор, иштер даярдалат. Окуу жай келечектеги жаш илимпоз, окумуштууларды да даярдоонун очогуна айланууда жана бул жаатта бир топ ийгиликтерди көрсөтүүгө болот.